试点的小规模纳税人大多由原实行5%的营业税税率降为适用3%的增值税征收率，且以不含税销售额为计税依据，税负下降幅度超过40%；试点的一般纳税人中，85%的研发技术和有形动产租赁服务、75%的信息技术和鉴证咨询服务、70%的文化创意服务业纳税人税负均有不同程度下降；加工制造业等原增值税一般纳税人因外购交通运输劳务抵扣增加和部分现代服务业劳务纳入抵扣，税负也普遍降低。
记者从有关部门了解到，参与试点的部分交通运输业企业，在改革试点初期出现了税负增加的问题。初步分析，原因主要在于，不同企业由于资本有机构成及投入时间存在差异，进项税额与销项税额在一定时段上不匹配。交通运输企业的主要资本投入是车辆，如果纳入改革试点的交通运输企业大部分车辆都是在2012年1月之前购置，就会在改革初期出现可抵扣进项税额较小、销项税额相对较大的情况。同时，由于改革尚未全面推开，影响到交通运输企业进项税额抵扣不充分。譬如，路桥费支出是交通运输企业主要经营成本之一，由于路桥收费还没有纳入营业税改征增值税范围，交通运输企业发生的路桥费支出得不到抵扣则会相应增加税收负担。
财政部、国家税务总局有关负责人表示，解决这些问题，根本上还需要继续深化改革，完善相关配套措施，努力确保不因改革增加纳税人负担。
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