深加工结转是指加工贸易企业将保税进口料件加工的产品转至另一加工贸易企业进一步加工后复出口的经营活动。对转出企业而言，深加工结转视同出口，应办理出口报关手续，如以外汇结算的，海关可以签发收汇报关单证明联；对转入企业而言，深加工结转视同进口，应办理进口报关手续，如与转出企业以外汇结算的，海关可以签发付汇报关单证明联。
1. 计划备案
（1）转出企业在申请表（一式四联）中填写本企业的转出计划并签章，凭申请表向转出地海关备案；
（2）转出地海关备案后，留存申请表*一联，其余三联退转出企业交转入企业；
（3）转入企业自转出地海关备案之日起20日内，持申请表其余三联，填制本企业的相关内容后，向转入地海关办理报备手续并签章；
（4）转入地海关审核后，将申请表第二联留存，第三，第四联交转入、转出企业凭以办理结转收发货登记及报关手续。
2. 收发货登记：
（1）转出、转入企业办理结转计划申报手续后，应当按照经双方海关核准后的申请表进行实际收发货。
（2）转入、转出企业的每批次收发货记录应当在保税货物实际结转情况登记表上进行如实登记，并加盖企业结转专用名章。
（3） 结转货物退货的，转入、转出企业应当将实际退货情况在登记表中进行登记，同时注明“退货”字样，并各自加盖企业结转专用名章。
3. 结转报关（先报进口再报出口）
（1）转出、转入企业分别在转出地、转入地海关办理结转报关手续。转出、转入企业可以凭一份申请表分批或者集中办理报关手续。转出（入）企业每批实际发（收）货后，在90日内办结该批货物的报关手续；
（2）转入企业凭申请表、登记表等单证向转入地海关办理结转进口报关手续，并在结转进口报关后的第二个工作日内将报关情况通知转出企业 ；
（3）转出企业自接到转入企业通知之日起10内，凭申请表、登记表等单证向转出地海关办理结转出口报关手续；
（4）结转进口、出口报关的申报价格为结转货物的实际成交价格；
（5）一份结转进口报关单对应一份出口结转出口报关单，两份报关单之间对应的申报序号、商品编码、数量、价格和手册号应当一致；
（6）结转货物分批报关的，企业应当同时提供申请表和登记表的原件和复印件。
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