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申请高新技术企业其实是个比较复杂繁琐的工作，需要多部门配合，准备的材料也比较多。尤其是一些财务账目不是很清晰的企业，财务数据资料就得花很多时间区整理。而且财务方面的数据还得出具审计报告。因此财务方面的材料整理显得尤为重要，影响高新技术企业认定是否能顺利通过。下面企无忧给大家说说关于高新技术企业认定申报的几个问题。
（一）关于申报主体问题
申请认定的企业必须是独立的法人企业，与企业所得税纳税申报的主体一致。母子公司应分别申报，母公司申报时只能包含母公司的情况，不能以合并报表的数据申报；实行总分机构汇总纳税的企业，只能以总机构申报，应包含分支机构所有情况。
（二）关于研发费用核算问题
《工作指引》中明确，企业的研究开发费用是以单个研发活动为基本单位分别进行测度并加总计算的。企业应设置高新技术企业认定专用研究开发费用辅助核算账目，认真对每个研究开发项目进行费用或资产化登记，提供相关凭证及明细表，并按《工作指引》要求进行核算。申报企业应具有完善的财务内部控制制度，严格按照企业会计准则或相关财务会计制度的规定记载或披露财务会计信息。
企业的研发费用和生产经营成本应分开核算，不能混淆。研发费用不得从生产成本中剥离。
1、执行《企业会计制度》的企业，在“管理费用”科目下设“研发费用”二级科目，在该科目下按照研究开发项目和费用种类分别归集核算。
2、执行《企业会计准则》或《小企业会计准则》的企业，设置“研发支出”一级科目，该科目核算企业进行研究与开发无形资产过程中发生的各项支出。该科目应按照研究开发项目，分别“费用化支出”与“资本化支出”进行明细核算。
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