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Thermo气套式加热和水套式加热，两种加热系统都是精确和可靠的，同时它们都有着各自的优点和缺点。
水套式加热
Thermo水套式加热是通过一个独立的水套层包围内部的箱体来维持温度恒定的，其优点：水是一种很好的绝热物质，当遇到断电的时候，水套式系统就可以比较长时间的保持培养箱内的温度准确性和稳定性，有利于实验环境不太稳定（如有用电限制或经常停电）的用户选用。
气套式加热
气套式加热是通过遍布箱体气套层内的加热器直接对内箱体进行加热的，又叫六面直接加热。
气套式与水套式相比，具有加热快，温度的恢复比水套式培养箱迅速的特点，特别有利于短期培养以及需要箱门频繁开关取放样的培养。此外，对于使用者来说气套式设计比水套式更简单化（水套式需要对水箱进行加水、清空和清洗，并要经常监控水箱运作的情况，还有潜在的污染隐患）。
注意事项：1、二氧化碳培养箱未注水前不能打开电源开关，否则会损坏加热元件。
2、培养箱运行数月后，水箱内的水因挥发可能减少，当低水位指示灯(WLow12)亮时应补充加水。先打开溢水管，用漏斗接橡胶管从注水孔补充加水使低水位指示灯熄灭，再计量补充加水(CP-ST200A加水1800ml，CP-ST100A加水1200ml)，然后堵塞溢水孔。
3、二氧化碳培养箱可以做高精度恒温培养箱使用，这时须关闭CO2控制系统。
4、因为CO2传感器是在饱和湿度下校正的，因此加湿盘必须时刻装有灭菌水。
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