菌肥又叫做生物肥、生物肥料、细菌肥料等。准确的讲它是菌而不是肥，因为它本身含有大量的微生物，在土壤中通过微生物的生命活动，改善作物的营养条件。
土壤由矿物质、有机质和微生物三大部分组成，是农作物生长发育的基础。土壤中的有益微生物直接参与土壤中物质和能量的转化、腐殖质的形成和分解、养分的释放。氮素的固定等一系列土壤肥力形成和发育过程。采用人为方式向土壤中增加有益微生物数量，就能够增强土壤中微生物的活性，从而提高土壤的肥力。特别是农作物根际土壤微生态系的微生物活性对植物根部营养则更为重要，因此，在植物根际施用微生物肥料，就可以增加根际土壤中的有益菌的数量和活性，导致土壤肥力的增强。
菌肥的作用：
1、菌肥中的微生物在土壤内的生命活动过程中，会产生大量的赤霉素和细胞激素类等物质，这些物质在植物根系接触后，会调节作物的新陈代谢刺激作物的生长，从而使作物产生增产效果。
2、以邪压正，减轻病害。菌肥中在植物根系大量生长、繁殖，从而形成优势菌群，这样就抑制和减少了病原的入侵和繁殖机会，起到了减轻作物病害的功效。
3、刺激有机质释放营养。丰富的有机质通过微生物活动后，可不断释放出植物生长所需要的营养元素，达到肥效持久的目的。
4、松土保肥、改善环境。丰富的有机质还可以改善土壤物理性状，增加土壤团粒结构，从而使土壤疏松，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通 气和促进根系发育。
生物菌肥在使用中需要注意的问题：
1、使用生物肥料要求一定的环境条件和栽培措施，以保证微生物生长繁殖所需要的环境条件，使肥料充分发挥作用；
2、生物肥料一般不能单独施用，一定要和化肥、有机肥配合施用，只有这样才能充分发挥生物肥料的增产效能；
3、在生产、运输、贮存和使用过程中注意杀菌条件。
利用土壤中一些有特定功能的细菌而制成的菌肥，具有改良土壤、保护生态环境等明显的生态效益，是21世纪生态农业的首选肥料。
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