免疫共沉淀CoIP实验技术原理
细胞裂解后，孵育结合了抗体的珠子，诱饵蛋白通过其抗体结合到Beads上，同时诱饵蛋白的互作蛋白，也一起“共沉淀”到Beads上。洗涤掉未结合的蛋白后，再用洗脱液将互作蛋白复合物从Beads洗脱下来，便得到免疫共沉淀CoIP产物。CoIP产物既可用Western Blot检测已知蛋白，也可用质谱鉴定未知蛋白。
当没有合适的诱饵蛋白抗体时，可以通过表达融合了Flag标签的诱饵蛋白，利用Flag标签做免疫沉淀。即细胞过表达Flag-Bait，经裂解后与anti-Flag珠子孵育，诱饵融合蛋白与Beads结合，其互作蛋白“共沉淀”到Beads上，再经洗涤、洗脱后用WB或质谱检测。
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免疫共沉淀Co-IP
Co-IP技术采用目标蛋白的抗体捕获样本中的目标蛋白及其互作蛋白复合物，反应的是体内真实的生理结合，但是不能显示这些相互作用是直接还是间接的
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pull down
pull down技术将目标蛋白进行体外原核表达，使标签蛋白（GST或His等）与目标蛋白融合表达，借助标签的亲和介质将目标蛋白纯化出来，可以不受抗体、物种限制，比较轻松的获得目标蛋白的结合蛋白，还可以通过外源同时表达目标蛋白和待测蛋白，确定它们是否发生直接的相互作用
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酵母双杂交
酵母双杂交技术是比较古老的一种技术，将目标蛋白和待测蛋白与GAL4 的两个结构域BD和AD融合表达，在酵母细胞中，2个蛋白的结合使得BD和AD在空间上靠近，从而激活报告基因lacZ的表达。
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荧光双分子互补（BiFC）
荧光双分子互补（BiFC）技术将目标蛋白和待测蛋白分别与GFP的两个片段融合表达，转染细胞后，2个蛋白的结合使得GFP两个片段空间上靠近，从而发出绿色荧光，该技术观测直观，操作简便
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荧光共定位
荧光共定位技术依靠荧光确定蛋白质具有相同定位，用于辅助证明而 |
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