(一)球虫病
【病因】 主要是艾美尔球虫属、等抱子球虫属的球虫寄生于鳄的胆囊、胆管及肠上皮内，引起胆囊、胆管、肠上皮发生坏死。
球虫体积很小，只有在显微镜下才能看到。球虫是多种动物共患的一种病原体。患病动物是主要的传染源(如病鸡、病鳄等)，其粪便污染饲料、饮水、垫草、用具及地面后，球虫卵囊在适宜的条件下1~3天发育成侵袭性的抱子卵囊，被健康鳄食人后，抱子卵囊钻人肠壁、胆囊壁、胆管壁发育成裂殖体，致使肠赫膜受到严重损害。裂殖体在肠壁上皮细胞内进行有性繁殖，发育成成熟的卵囊，随粪便排出体外，再感染健康鳄。本病一旦发生，死亡率高。
【症状】 病鳄精神沉郁;昏睡;不运动;减食;腹泻，排褐色，戈幻色糊状恶臭粪便，严重者排血便。病鳄多在2~3天内死亡。剖检可见肠道、胆囊、胆管高度肿胀、充血、出血，并有溃疡坏死灶。肠内容物血样。镜检肠内容物、肠上皮及排出的粪便可发现球虫病原体。
【防治】 为预防本病可采取如下措施：
其一，搞好养殖场水池、地面的卫生，连同用具用热碱水消毒。
其二，加强伺养管理，给鳄多种维生素，增强抵抗力。
其三，用鸡、鸭饲喂鳄，一定要做好检疫，不能用带有球冲的禽类做饲料。
其四，在饲料中混人抗球虫药进行预防：莫能霉紊按0.01% ，盐霉素按0.005 %混人饲料中治疗本病可用下列药物：① 氯苯胍：每50下克加氯苯胍2克，连用5~7天。② 磺胺二甲基嘧啶：按0.5%混人饲料，连喂7天。
(二)蛭病
【病因】 水蛭类的扁体吸虫寄生于鳄体上。因虫体种类不一，大小不等。一般虫体呈长椭圆形，背部稍隆起，体长约2~6厘米，宽0.5~2.5厘米，呈淡黄色，或灰白色、褐绿色等颜色。身体前端有一吸盘，有的蛭类身体后端还有一吸盘。
【症状】 水蛭常寄生在鳄的口腔里，在齿龈、舌、牙缝、领内等处都可寄生，吸取鳄的营养。由于寄生处的表皮被破坏，常引起继发感染。寄生数量较多时可引起贫血、消瘦等症状
【防治】 可在养殖池里撒放生石灰杀虫，简便易行，效果好。寄生虫体可以用手除去。
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